La Reserva se encuentra dentro de una región morfoestructural denominada Llanura Chaqueña. La Reserva se encuentra dentro de la cuenca del río Bermejo, que nace al sur de Bolivia con el nombre de Bermejo u Oroceño, y que, en parte de su recorrido, determina el límite entre dicho país y la Argentina. La escasa pendiente, la impermeabilidad del suelo, la abundancia estacional de lluvias y el desborde periódico de los ríos favorece el desarrollo de numerosos bañados, esteros y lagunas semilunares que ocupan anteriores cauces y meandros. Allí se establecen una flora y una fauna acuáticas muy variadas. Estos ambientes sufren, posteriormente, una evolución seral por desecación y rellenamiento que permite el desarrollo de pastizales o sabanas y arbustales.
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